水專項根據流域特點,以種養結合為理念研發了多項畜禽養殖污染治理的適用技術,其中既有集成的移動式生態養殖、山地果園種養結合養殖、原位發酵床養豬等技術,也有針對技術難點攻克的適用技術,包括種養結合、源頭節水、糞便堆肥、厭氧發酵、沼液利用、尾水凈化、糞污資源化利用、沼液能源化利用等技術和設備。如山地果畜結合區面源污染控制技術針對東江源頭區的地貌特征,以小流域為系統單元,山集成了滯留塘生態凈化系統構建、有機固體廢物循環利用、生豬養殖高氨氮廢水處理等技術,從系統結構上實現養殖廢物的循環利用,實現“控源、減排、凈化”的污染防治目標。應用該技術已在臍橙果園進行示范推廣,通過生態化改造,在山溝養殖生豬,有效保護了果園生態環境,并輻射帶動周邊農戶致富。該技術在安遠縣的臍橙果園逐步推廣應用,推動了該區域農業循環經濟,促進了果業和畜禽養殖業的發展,對水資源保護起到積極作用。

從“十一五”至今,通過水專項的研究,共發布12項與養殖污染控制相關的技術規范或指南。國家層面發布的包括《畜禽養殖業污染治理工程技術規范》、《畜禽養殖污染發酵床治理工程技術指南(2014)》等,省市層面的包括《江蘇省污水生物凈化處理技術規程》、《等,內容涵蓋了養殖場建設、區域規劃、污染控制、資源化利用等多個環節,也有針對發酵床養殖污染防治、污水生態凈化、雨污分流、糞便集中收集等具體技術的規范和指南。