養殖廢水主要包括殘余糞便、尿液、圈舍沖洗水及飼料殘渣等，其處理模式可分為還田、自然處理以及工業化三種處理模式。現階段國內外工業化治理畜禽養殖廢水的工藝大致相同，各工藝組合方式較多，但市場上投入生產運行的治理設施鮮少有總氮、氨氮排放達標的。其中工業化處理模式是目前最受關注的一種處理技術。

在源頭減量方面,水專項研究和改進了新型飲水器和兩坡段干濕分離污水削減技術,達到減少飼料和水源浪費的目的。在堆肥方面,研發了保氮除臭免通氣槽式堆肥發酵技術,將有機固體廢物降解和轉化為優質有機肥利，同時用微生物技術處理起到無害化的作用。另外，水專項針對糞污在資源化過程中的氮損失率過大問題,研發了耐高溫快腐熟保氮除臭發酵復合菌劑與復合多功能微生物添加劑制備技術，堆肥溫度有了大幅提高，堆肥物料腐熟過程和發酵周期顯著縮短，氮損失率也明顯降低。針對尾水處理,研發了河口濕地養殖水體污染的物理與生物聯合阻控改善技術,通過物理與生物聯合阻控方式，降低了凈化養殖尾水的成本。